Kostol sv. Tomáša je najmladším kostolom mesta. Bol postavený na sídlisku Šípok v roku 1999. Jeho súčasťou je aj pastoračné centrum. Základný kameň kostola sv. Tomáša bol posvätený 29. 8. 1999. Stavba kostola s Pastoračným centrom bola slávnostne posvätená otcom biskupom Rudolfom Balážom dňa 15. 12. 2001. Na žiadosť diecézneho biskupa Mons. Rudolfa Baláža bola 20. 10. 2002 farnosť zverená do správy rehoľnej spoločnosti Saleziánov don Bosca. Otec biskup im daroval kostol s Pastoračným centrom, aby sa prednostne venovali dospievajúcej mládeži. V súčasnosti vo farnosti Šípok pôsobia štyria kňazi saleziáni.